第三期:GetOrganelle细胞器基因组组装专题
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目的
随着测序技术的高速发展,高通量测序成本急速下降,使得低覆盖度的全基因测序和全基因组重测序,以及转录组测序进入“规模化”。在植物基因组,叶绿体基因组和线粒体基因组的数量在单个细胞中都有多个拷贝,因此利用低覆盖度的全基因测序数据可以组装出完整的叶绿体基因组和线粒体基因组。同时,核基因组多拷贝的核糖体 DNA 也能获得完整的序列;转录组数据中,同样可以组装到大量的叶绿体和线粒体基因,以及高表达的保守型单(低)拷贝核基因和核糖体 DNA。这些叶绿体、线粒体、核糖体 DNA和保守型单(低)拷贝核基因是用于系统发育基因组学研究中常用数据。由于组装和分析高通量数据完全依赖于生物信息软件,但对于大多数没有生物信息学背景的研究生和科研人员,需要花费大量时间去搜寻和学习各种软件,有时无法达到预期的目的。为了帮助生物信息学背景较弱的研究生和科研人员快速并准确地掌握细胞器基因组de novo组装和注释,以及下游的系统发育与演化分析。因此,2020年将在中国科学院西双版纳热带植物园园部举行植物系统发育基因组实战培训班第三期,本期为“GetOrganelle细胞器基因组组装”专题培训。后续将视情况举办“系统发育和演化分析”专题培训
 
课程安排
培训班形式为讲座和实战相结合。从软件包安装开始,逐步深入进行数据处理、组装和结果分析,学员必须自备电脑进行演练。课程的讲座内容包括DNA 测序技术和质体基因组介绍、细胞器基因组装软件GetOrganelle工作流程介绍、叶绿体基因组结构变异和常见问题,以及细胞器基因组注释方法等。实战内容包括Linux命令基础、GetOrganelle软件包安装,10种代表类群细胞器基因组组装,以及GetOrganelle软件包小工具使用等。
 
培训对象
主要面向正在从事细胞器基因组系统发育和演化研究的研究生和科技人员;了解Linux 或 macOS常用操作命令,使用过或正在使用超算优先考虑;同时对高通量测序数据和de novo组装有一定了解。因是实战培训,为保证效果,学员人数限定在20人以内。
 
时间安排
报名截止:2019年12月31日
培训日期:2020年1月3-5日
培训地点:中国科学院西双版纳热带植物园(详细地点另行通知)
 
讲课教师
郁文彬(主讲),中国科学院西双版纳热带植物园
刘景欣(助教),中国科学院西双版纳热带植物园
李    鑫(助教),中国科学院西双版纳热带植物园
 
语言:中文授课
 
费用:900元/人, 食宿费交通费自理
 
报名:登录 https://www.wjx.top/jq/33371451.aspx 在线报名 
          或用手机扫描二维码报名
         
 
中国科学院西双版纳热带植物园
2019年11月27日