随着测序技术的高速发展，高通量测序成本急速下降，使得低覆盖度的全基因测序和全基因组重测序，以及转录组测序进入“规模化”。在植物基因组，叶绿体基因组和线粒体基因组的数量在单个细胞中都有多个拷贝，因此利用低覆盖度的全基因测序数据可以组装出完整的叶绿体基因组和线粒体基因组。同时，核基因组多拷贝的核糖体 DNA 也能获得完整的序列；转录组数据中，同样可以组装到大量的叶绿体和线粒体基因，以及高表达的保守型单（低）拷贝核基因和核糖体 DNA。这些叶绿体、线粒体、核糖体 DNA和保守型单（低）拷贝核基因是用于植物系统发育基因组学研究中常用数据。由于组装和分析高通量数据完全依赖于生物信息软件，但对于大多数没有生物信息学背景的研究生和科研人员，需要花费大量时间去搜寻和学习各种软件，有时无法达到预期的目的。为了帮助生物信息学背景较弱的研究生和科研人员快速并准确地掌握de novo组装和注释，以及下游的系统发育与演化分析。因此，我们计划自2019年起，每年举办两期培训班：上半年培训细胞器基因组组装和分析；下半年培训转录组数据组装和分析。2019年第一期将于1月18日-20日在中国科学院西双版纳热带植物园园部举行；第二期开课时间另行通知。

 

本次培训班课题是实战分析，课程将会从软件安装开始，逐步深入进行数据处理、组装、注释和分析，学员必须自备电脑进行演练。课程的讲座内容包括：1）叶绿体基因组装软件GetOrganelle工作流程介绍；2）叶绿体基因组注释的常用方法的比较；3）基因组数据的比对和系统发育分析。实战内容包括：1）利用GetOrganelle进行叶绿体基因组组装；2）结合CpGAVAS、PGA 和  Geneious进行基因组注释；3）使用 MAFFT、MAUVE和 MULAN进行基因组比对；4）RAxML、MrBayes （jModelTest）、IQtree 重建系统发育关系；5）使用 BEAST2进行分化时间估算。

 

主要面向正在从事细胞器基因组系统发育和演化研究的研究生和科技人员；熟悉Linux 或 macOS常用操作命令，使用过或正在使用超算；对高通量测序数据和de novo组装有一定了解。因是实战培训，为保证效果，学员人数限定在15人以内。

 

报名截止：2019年1月15日 (2019年1月8日报名人数已经超过人数限制，我们会根据后续报名人数确定是否举办第二期，请等候邮件通知)

培训日期：2019年1月18 - 20日。

培训地点：中国科学院西双版纳热带植物园（详细地点另行通知）

 

郁文彬  副研究员     中国科学院西双版纳热带植物园

金建军  助理研究员  中国科学院昆明植物研究所

 

语言：中文授课

 

费用：800元/人, 食宿费交通费自理

 

报名：登录 https://www.wjx.top/jq/33371451.aspx 在线报名 

          或用手机扫描二维码报名

         

 

中国科学院西双版纳热带植物园

2019年1月4日